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L'Acquario è dotato di un pronto soccorso molto attrezzato, uno studio veterinario di grandi dimensioni che si occupa della cura degli ospiti del parco marino e del pronto intervento in mare. Insieme al dipartimento di Etologia dell'università di Genova l'Acquario partecipa in questo modo alle attività e alle missioni di salvataggio del "centro Studi Cetacei".
Per questo motivo all'interno dell'Acquario è stata allestita una grande vasca circolare ed una ancora più grande su una chiatta, per i delfini bisognosi di isolamento e cure mediche di particolare intensità.
Molti sono i cetacei bisognosi di soccorso, ma non solo: l'infermeria è affollatissima di piccoli animali e viene utilizzata per gestire la "quarantena" dei nuovi arrivati.
Un attrezzato laboratorio per le analisi e una sala per le autopsie completano la struttura.
Gli animali vengono studiati anche dopo la morte, per consentire alla veterinaria dell'Acquario, Claudia Gili, e al resto del personale, di scoprire le patologie più frequenti e per aggiornare la vastissima banca dati che va dalle terapie adottate alle malattie riscontrate.
Gi ospiti fissi sono tenuti sempre sotto stretta osservazione: prelievi del sangue, controlli alla dentatura, accurate ecografie, soprattutto per le foche in gravidanza.
Spesso l'Acquario diventa anche un "day-hospital" per gli animali confiscati dal Corpo Forestale e per i privati alle prese con inattesi problemi di convivenza.
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